Stoi niemal na samym środku toruńskiego Rynku Głównego. Jego historia, bogata w przemiany stylów architektonicznych, konstrukcji i zabudowań rozpoczyna się już w połowie XIII w., czyli w okresie największego rozwoju średniowiecznego Torunia. Należy do najbardziej monumentalnych osiągnięć architektonicznych średniowiecznej Europy. Początkowo nie był Ratusz jednym budynkiem, a składały się nań różnego rodzaju i zastosowania budowle; m.in. drewniane kramy, ławy chlebowe i domy kupieckie (sukiennice). W maju 1393 roku, na mocy przywileju budowlanego Wielkiego Mistrza Zakonnego Konrada Wallenroda, "zgodnie z potrzebami miasta", po wyburzeniu poprzednich zabudowań, powstał jednopiętrowy murowany Ratusz z dziedzińcem i wieżą. Wieża ta, wybudowana w 1274, jako jedyna pozostała ze starego Ratusza a jako część nowego, podwyższona została do obecnych, 40 metrów wysokości. Jest ona najstarszą częścią toruńskiego Ratusza. Trudno jednoznacznie określić kto był budowniczym owego Ratusza, przypuszcza się, że był to Mistrz Marcin, ówczesny architekt miasta. Z dokumentów wynika również, że budowa Ratusza rozpoczęła się jeszcze na krótko przed wydaniem przywileju, w roku 1391. Prace ukończono w 1399. Gmach budynku, mierzący 44 na 52 metrów, składał się z 4 skrzydeł, pośrodku których znajdowały się bramy prowadzące na dziedziniec. Następnie w latach 1602-1605 z inicjatywy burmistrza Henryka Strobanda, Ratusz poddano ponownej przebudowie. Pracami kierował Wilhelm Marcin, według projektu Antoniego van Obbergena z Malines we Flandrii. Zmiany objęły cały budynek, co jednaka bardzo ważne, zachowano przepiękne formy gotyckie starego Ratusza. Podwyższono budowlę o jedno piętro, dodając również elementy dekoracyjne o charakterze niderlandzkiego renesansu, poszerzono otwory okienne, zmieniając ich obramowania na kamienne. Podczas Potopu Szwedzkiego, w 1703 roku, Ratusz został częściowo zniszczony przez pożar. Odbudowa trwała kilka lat, ze względu na ogólny kryzys panujący w państwie, jednak zakończono ją w 1737 roku. Wtedy to właśnie nadano Ratuszowi dokładnie taki wygląd, jaki ma obecnie.
Najważniejsze daty z burzliwych dziejów Ratusza:
1411 Wielki Mistrz Krzyżacki Henryk von Plauen usuwa przemocą radę miejską i narzuca nową.
X 1452 Narady w Ratuszu gości polskich: kanclerza Jana Koniecpolskiego i proboszcza krakowskiego Tomasza Strzempińskiego z radą miejską w sprawach politycznych
1453 antykrzyżackie zebranie mieszkańców Starego i Nowego Miasta przed Ratuszem
1453-1454 narady tajnej Rady Związku Pruskiego w sprawie zerwania z zakonem krzyżackim i poddania się Polsce
1453-1454 miejskie pogotowie obronne przed Ratuszem w obawie przed represjami krzyżackimi
8 III 1454 połączenie Starego i Nowego Miasta Torunia. Przysięga przedstawicieli Nowego Miasta w Ratuszu
27 V 1454 hołd miasta i rycerstwa ziemi chełmińskiej, złożony królowi Kazimierzowi Jagiellończykowi na rynku przed Ratuszem
1454 kilkakrotny pobyt Kazimierza Jagiellończyka w Ratuszu toruńskim, nadanie przywileju dla miast pomorskich, przyjmowanie poselstw zagranicznych. Od tego czasu Ratusz jest stałą rezydencją królów polskich podczas pobytu z Toruniu
28 IX 1456 bunt pospólstwa przeciw radzie miejskiej i ucieczka rady Ratusza
1456 ścięcie 66 przywódców rozruchów przeciw radzie na rynku przed Ratuszem
19 X 1466 wielka uczta na cześć pokoju toruńskiego
1466 powstanie archiwum stanów Prus Królewskich w Ratuszu
1495 hołd stanów Prus Królewskich założony Janowi Olbrachtowi
17 VI 1501 śmierć króla Jana Olbrachta
2 XII 1519 Zygmunt I wypowiada wojnę wielkiemu mistrzowi Albrechtowi von Hohenzolern
25 XI 1519 - 9 II 1520 sejm w Toruniu
18-29 VI 1520 Wielki Mistrz Albrecht przyjęty przez Zygmunta I, do hołdu nie dochodzi
10 III 1523 Wiec cechów przed Ratuszem przeciwko radzie miejskiej
26 VIII 1576 przyjęcie w Toruniu Stefana Batorego i wspaniała uczta na cześć króla
19 X - 29 XI 1576 sejm w Toruniu
10 XI - 24 XI 1626 sejm w Toruniu
25 VIII - 21 IX 1645 obrady Collegium Charitativum w Ratuszu z inicjatywy Władysława IV z udziałem katolickich, 24 luterańskich i 24 kalwińskich teologów
1655 szlachta kujawska i chełmińska, która schroniła się do Torunia przed Szwedami, składa w Ratuszu swe kosztowności
1 XIII 1655 narady w sprawie kapitulacji miasta wobec Szwedów
1 I 1659 wjazd Jana Kazimierza z żoną do odzyskanego Torunia. Przysięga złożona królowi przez miasto przed Ratuszem, pobyt króla w Ratuszu do 18 stycznia
30 V 1677 przybycie Jana III Sobieskiego do Torunia i przyjęcie na Ratuszu
24 IX 1703 pożar Ratusza wskutek bombardowania szwedzkiego
7 XII 1724 ścięcie burmistrza J.G. Roesnera na dziedzińcu Ratusza i 9 rajców przed Ratuszem jako epilog "tumultu toruńskiego"
7 IV 1793 ostatnie posiedzenie toruńskiej rady miejskiej. Komisarze pruscy ogłaszają dekret o II rozbiorze Polski, przysądzającym Toruń Prusom
IV 1809 Urzędowanie Rady Stanu Księstwa Warszawskiego w okresie okupacji Warszawy przez Austriaków
1861 utworzenie muzeum miejskiego w kilku salach Ratusza
1894 Wilhelm II wygłasza przed Ratuszem antypolskie przemówienie
18 I 1920 objęcie władzy w Ratuszu przez polskiego komisarycznego prezydenta miasta, dra Ottona Steinborna
19 II 1931 uroczystość otwarcia zreorganizowanego Muzeum Miejskiego, połączonego ze zbiorami Towarzystwa Naukowego w Toruniu
22 IX 1946 otwarcie sal wystawowych Muzeum Miejskiego po II wojnie światowej
22 V 1954 uroczysta Sesja Miejskiej Rady Narodowej na dziedzińcu ratuszowym, poświęcona 500-leciu odzyskania Pomorza. Odsłonięcie tablicy pamiątkowej na Ratuszu
1957-1964 remont kapitalny gmachu
26 VI 1964 otwarcie muzeum
10 IX 1966 uroczysta Sesja Prezydium Wojewódzkiej Rady Narodowej w Bydgoszczy i Prezydium Miejskiej Rady Narodowej w Toruniu z okazji 500-lenia Pokoju Toruńskiego